啊你听说没，拿到SNP数据后的第一步操作千万别搞错。虽然测序能搞出成百上千个位点，但真能用的没几个。要是研究的事儿都做完了，你就随便挑个Sanger测序或者Taqman啥的，一次性把十几个甚至几十个SNP的真假给验出来就完事儿了。 但如果你还想接着做后面的事儿，那才是真正的开始。因为品种鉴定、图位克隆甚至分子辅助育种（MAS）这些活儿还在排队等着呢。这时候把SNP变成PCR标记才是硬通货。CAPS、dCAPS还有AS-PCR这三个大角色马上就要登场了。 2.1先来说说CAPS，这是最省心的共显性标签。原理其实特简单：要是那个SNP正好落在某个限制酶的切点上，你用PCR扩增一下再加上酶切，就能把纯合还是杂合直接看出来。比如拟南芥的Col和Ler生态型，在某个位置一个是GA一个是GG。Col的那个G正好就是EcoRI的切口。把引物一加，PCR扩增出一个600 bp的片段。再拿EcoRI去切一下，纯合的Col就被切成200 bp和400 bp两条带了；杂合的就会出现三条带；而纯合的Ler还是原来那一个大条带。 2.2要是SNP不在限制酶的切口中怎么办？别急！咱们可以用dCAPS来补救。原理就是把引物往前挪20个碱基左右，故意在那让它错配1到2个碱基。这一招叫什么？叫人造切口！照样能玩转RFLP。 还是拿Col和Ler来举个例子。原本Col在SNP左侧第8位是个G变成了C。这一变化就在Ler里造出了一个BslI的切口。PCR产物一酶切，纯合的Ler就被切成了160 bp加上20 bp的小片段（图上虽然没显示20 bp的那个）；而纯合的Col则保留着180 bp的大条带；杂合的后代照样是三条带齐飞。 总之总结一下：测序只是起点，验证才是分水岭。要是研究还没结束，赶紧把SNP变成CAPS或者dCAPS标签让PCR仪接着加班吧——省钱、省时又省心。下一期我们就要请出AS-PCR这位压轴嘉宾了哦。