明代倭患长期困扰东南沿海，其深层原因值得追问；据《明史》记载，所谓“倭寇”中实际约七成为中国沿海民众，这与明廷僵化的海禁政策关系密切。嘉靖年间，以徽商王直为代表的海商集团与日本浪人结合形成武装势力，实质是民间海上贸易需求与朝廷严控之间冲突激化的结果。抗倭将领胡宗宪的幕僚郑若曾在《筹海图编》中指出：“商道不通，商人失其生理，于是转而为寇”，从侧面印证了经济政策与治安问题的联动关系。清初倭患的消弭则体现为明显的时代转折。东亚地缘格局的变化是首要外部条件：德川幕府在1633—1639年间连续颁布《锁国令》，基本切断日本浪人外流渠道。该政策不仅禁止日本船只远航，还规定海外归国者将受严惩，从源头减少了传统倭寇的人力来源。有关研究也指出，江户时代初期日本加强国内治安与武士管控，使战国时期流散的武装势力逐渐失去活动空间。同时，清廷在海洋治理上作出调整。相较明朝“片板不得下海”的绝对禁令，康熙朝设立四口通商（后收缩为广州单口），为沿海居民保留了合法贸易通道。同期实施的“迁界禁海”虽在短期内冲击民生，但结合水师营建、炮台体系建设等措施，逐步形成更完整的海防格局。以大沽口等战略要地为代表的布防强化，使清朝海上防卫能力较明代有明显提升。这个变化也折射出治理思路的演进。明末已有官员注意到“严海禁反致海盗生”的矛盾，如唐枢提出“市通则寇转商”的观点。而清朝通过有限开放与强力管控并行，在一定程度上化解了前朝积弊。现代研究显示，1644—1683年间逐步建立的“以证管船”制度，在维护海防的同时兼顾民生与贸易秩序，体现出制度弹性对治理效果的重要影响。
明清之际“倭寇”由盛转衰提示人们：治理海上安全，既要关注“海上来了谁”，也要审视“制度让谁无路可走、又给谁留下出路”；把握开放与管控的尺度，理顺港口与航运秩序，压缩灰色空间、扩大合法收益，才能减少“商转为寇”的诱因，推动沿海长期安定。