玄奘唐僧的顶骨舍利在1942年被日军从南京大报恩寺遗址盗掘后，汪伪政府为了掩盖罪行，提议与日本“平分”。结果不但没反对，还把自己拿到的那份继续分送各地。经过多次分割，这些舍利就散落到了至少九到十个地方。比如九华山的三藏塔下地宫，那是1943年被水泥封存进去的；西安大慈恩寺、台北玄奘寺、印度那烂陀寺也都有供奉。还有一部分被送到了日本，比如埼玉县慈恩寺和奈良药师寺。 南京本地就有两份顶骨舍利：一份在九华山三藏塔的地宫里封闭着；另一份是1973年从南京博物院移交到灵谷寺玄奘院地宫佛牙塔内的。至于灵谷寺供奉舍利的建筑其实不叫“玄奘塔”，而是纪念堂里的十三层密檐楠木塔。2011年以后，舍利被安奉到了金丝楠木纯金构件做成的“玄奘大师顶骨塔”中。至于灵谷寺的那座“玄奘塔”，其实是1956年周总理批准赠送出去的那个。 1944年汪伪政府把南京那份又分送了国内多地；1952年虚云法师还赠送了斯里兰卡一份（存疑）。不过也有份在1955年送给了日本东京的某个地方。新竹玄奘大学是在1998年从灵谷寺分供过来的。至于成都文殊院和北京、广州等地的舍利，在文革期间没能保住。 总结下来，玄奘顶骨舍利并不是只有两个而是分散在多处供奉着。南京本地就有两份：九华山的那座砖塔叫“三藏塔”，而灵谷寺供奉舍利的建筑是纪念堂内的木塔或者金塔。