颜色对比PCR预混液有何影响？把橙色或蓝色指示剂加入预混液之后，还会继续影响最终PCR结果吗？答案不是那么简单。过去，PCR混液经常是无色透明的，为了给样品染色和让条带更清晰，还得自己给混合液添加Loading Buffer。厂家终于搞清楚了，把颜色剂直接放进预混液里，做电泳的时候就能直接看到结果了。但这样做会不会造成“副作用”，进而干扰DNA扩增呢？ 传统Loading Buffer的三个作用是什么？经典蓝色Loading Buffer主要有这三个功能：第一个是终止反应——用SDS或EDTA把酶活性抑制住；第二个是给样品增加重量——用甘油让DNA片段更不容易在点样的时候散开；第三个就是视觉指示——把条带染成蓝色线。这三样东西都在各大书籍和厂商手册里都有详细介绍。至于说染料对酶活性会不会产生影响，大多数研究认为浓度很低的话基本没影响，不过如果你直接对PCR产物进行酶切，还是建议先查查资料了解清楚颜色剂对限制酶活性的影响。 下面列举几种常见颜色及其对应的染料表：如甲酚红是pH指示剂，蓝色 Loading Buffer 中通常加入溴酚蓝等物质作为指示剂给电泳时用。 不同颜色的迁移率差异明显：溴酚蓝和甲酚红等染料在琼脂糖凝胶中泳动速度不一样，而且还受琼脂糖凝胶浓度、电泳液(TAE或TBE)等影响变化。想知道某个颜色对应的大概多少bp?网上查下标准曲线就知道了。 甲酚红的变色戏法：其实甲酚红只是pH指示剂而已，所以它会随pH变化改变颜色。PCR缓冲液里的Tris随温度升高和降低会发生变化，因此：72℃延伸完拿出来时紫红色管子可能变成黄色；温度降回后又变成紫红。实验员看到这种情况不要慌，很可能只是正常现象，温度恢复就会变回原来的样子。 你是否经常被五颜六色的PCR管吓得手心冒汗呢？记住这三点就够了：低浓度染料不会干扰酶活性；不同颜色迁移率不一样，根据需要选择合适的电泳液和胶浓度；还有就是甲酚红会变色，这是正常现象。下次看到这些五颜六色的管子就不用再紧张啦。